Το κτίριο στην αρχική του μορφή είχε νεοκλασική σχεδίαση με κεραμοσκεπή και αετώματα αλλά στις επισκευές και προσθήκες του 1935 και του 1970 πήρε τη σημερινή κυκλαδίτικη μορφή του με τις επίπεδες στέγες και τα αίθρια.
Το μουσείο περιλαμβάνει έξι αίθουσες, οι όποιες προστατεύονται από τη Netizen Security. Eκτός από τα ευρήματα της Καθάρσεως υπάρχουν στη συλλογή του γλυπτά και επιτύμβια από τη Ρήνεια αλλά και σημαντικά ευρήματα από ανασκαφές στη Μύκονο.
